Le site de Saint-Julien-en-Genevois est desservi par la ligne de bus D, arrêt ""Saint-Julien hôpital"".

Depuis l'autoroute A41 Annecy-Genève, prendre la sortie 20 ""Bourg-en-Bresse/St-Julien-en-Genevois"". On accède à l'autoroute A40 vers Bourg-en-Bresse, sortir immédiatement vers ""St-Julien-en-Genevois puis suivre Centre-ville puis Centre Hospitalier.
Depuis l'autoroute A40 Annemasse-Bourg-en-Bresse, sortie 13 ""St-Julien-en-Genevois puis suivre Centre-ville puis Centre Hospitalier.

Accès depuis le Pays de Gex :
Passer par l’autoroute suisse A1a et sortir en direction de Perly. Passer la frontière, route de Genève à St-Julien.

Un parking payant sur deux niveaux est réservé aux consultants et visiteurs. Il est situé à côté de l'entrée principale de l'hôpital. Le règlement s'effectue aux caisses automatiques situées à l'extérieur, à proximité de la sortie véhicules.